O topônimo deve-se à existência de uma grande lagoa, esvaziada pelos bandeirantes, para exploração de ouro e pedras preciosas. Para escoamento da água, foi aberto um canal em uma pedra, conhecida como “pedra furada”.
O nome do município é uma referência ao rio Baependi, que atravessa o município. "Baependi" é um termo oriundo do termo tupi mba'eapiny, que significa "rio do monstro marinho" (mba'eapina, monstro marinho indígena + 'y, rio).
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